法医学与医学检验学院从医学检验系发展而来，2012年更名为法医学与医学检验学院，现有法医学、医学检验技术、卫生检验与检疫三个本科专业和医学检验技术一个专科专业及一个专升本专业。我校是山东省高校中唯一一所招收法医学本科专业的院校。学院现有教职工87人，其中客座教授8人，教授19人，副教授23人，博士学位12人；全日制本专科在校生1200余人。学院有9个教研室包括：医学检验教研室、卫生检验教研室、临床血液学教研室、临床微生物学教研室、临床免疫学教研室、临床生物化学教研室、法医临床与病理学教研室、法医物证学与毒物分析教研室、法医学教研室和1个法医学与医学检验实验中心。同时实现了学院与附属医院检验科、济宁中心血站等院、科、站教学和实践合一的教学模式。
学院拥有10个实验室和20余个附属准备室、仪器室、科研室，单独建立了显微互动多媒体实验室1个，教学用房建筑面积约计3200m2。仪器设备总值近2000余万元，拥有ABI3500测序仪、液相色谱仪、气相色谱仪、原子吸收分光光度计、原子荧光分光光度计、紫外分光光度计、电化学工作站、PCR仪、超薄切片机、组织切片机、全自动切片染色机、组织包埋机、组织脱水机、冰冻切片机、数字切片扫描系统、病理图像处理系统等多台大型仪器设备，全部面向本科生开放。能够较好的满足专业实验教学和科研工作的需要。
济宁医学院司法鉴定中心是经司法部核准，山东省司法厅批准的公办中立性质的司法鉴定机构，是山东省高等院校设立的唯一的法医类司法鉴定机构，机构为正处级单位，与法医学与医学检验学院合署办公，中心主任由院长担任。中心拥有法医病理、法医临床、法医物证和法医毒物四个鉴定室，鉴定仪器设备先进齐全，能很好的满足法医鉴定和法医学本科学生实习、见习工作需要，使司法鉴定中心不仅具有社会服务功能，同时也为法医学专业本科专业教学和科研提供了良好的平台。
学院拥有济宁医学院附属医院、济宁市第一人民医院等5所医学检验教学实习医院和济南艾迪康医学检验中心、济南金域医学检验中心、青岛兰信医学检验中心、山东省脐血干细胞中心等10余所医学检验实习就业基地。拥有青岛市疾病预防控制中心、烟台市疾病预防控制中心、淄博市疾病预防控制中心、济宁市疾病预防控制中心等近30多所地市级疾病预防控制中心为卫生检验教学基地。能够很好的满足医学检验和卫生检验专业学生专业实习和实践能力培养的需要；拥有10余家地市级公安局刑事科学技术研究所为主的法医学实践教学基地，并与公安部、省公检法和部分部属院校司法鉴定中心建立了广泛的业务联系，为各专业学生见习、实习和就业提供了广阔的平台。
学院拥有国家级、省级教学名师3人，享受国务院政府特殊津贴专家2人，省市有突出贡献专家2人，教学团队承担和协作国家“十五”攻关课题、卫生部、山东省等科研和教学课题20余项，获省部级科技进步奖5项，厅局级科技进步奖10余项。
2008年卫生检验课程教学团队被评为山东省教学团队，2012年医学检验专业被山东省教育厅评为特色专业建设点，免疫学检验、临床生物化学及检验、细菌学检验课程被评为山东省教育厅精品课程。
近三年研究生录取率逐年升高，现已达40%左右，许多同学考取北京大学、复旦大学、浙江大学、华中科技大学、武汉大学、中山大学、上海交通大学、西安交通大学等国内著名高校。近三年毕业生就业率均达到100%。
专业名称：医学检验技术
主干学科：基础医学 医学检验
学科优势：省级特色专业建设点 省级精品课程群
培养目标和就业方向：培养适应社会和卫生事业发展需要，德、智、体、美全面发展，具有系统的医学检验技术基本理论、基础知识和基本技能，有一定实践能力、管理能力、创新能力和发展潜力，可以在医疗卫生机构、科研单位、大专院校、血站、第三方独立实验室、疾病控制中心、工矿企业、等部门从事医学检验、卫生检验及医学类实验室工作，目前已形成山东省内各市级医院检验科、济南艾迪康医学检验中心、济南金域医学检验中心等多所医学检验第三方独立实验室为主的广泛地就业基地。
学制年限：本科四年 专科三年
授予学位：理学学士（本科）
专业名称：卫生检验与检疫
主干学科：基础医学 预防医学 卫生检验
学科优势：省级教学团队 校级精品课程
培养目标和就业方向：培养适应社会和卫生事业发展需要，德、智、体、美全面发展，具有系统的预防医学和卫生检验基本理论、基础知识和基本技能，有一定实践能力、创新能力和发展潜力，可在医疗卫生机构、科研单位、高等院校、疾病预防控制中心、出入境检验检疫局、卫生监督所、职业卫生与环境医学评价公司、工矿企业及大型食品、制药公司从事卫生检验工作，目前已形成以山东省内各疾病控制中心、职业检测评价中心等就业基地。
学制年限：本科四年
授予学位：理学学士
专业名称：法医学
主干学科： 基础医学 临床医学 法医学
学科优势：法医学专业是山东省唯一医学类本科专业，是山东省法医鉴定培训基地，建有山东省高校唯一法医类司法鉴定中心，有十余家地市公安局法医实践教学基地和平台。
培养目标和就业方向：培养适应社会主义现代化建设需要的，德、智、体、美全面发展，系统掌握基础医学的基本理论和知识，临床医学专业知识和技能，熟练法医学专业知识、基本技能、方法和法医鉴定相关知识，有较强的实践能力，能在各级公安局、检察院、法院，司法鉴定机构、医院及各大保险公司等部门从事法医学检案鉴定工作。
学制年限：本科五年
授予学位：医学学士